En la actualidad el convento alberga el Museo del Azafrán y Etnográfico.
La construcción del conjunto fue iniciada en 1612 terminando las obras en 1619. El convento fue ocupado por frailes franciscanos hasta que debido a las desamortizaciones del s. XIX su utilización paso a fines civiles. Desde entonces se ha utilizado como cárcel hasta mediados del s. XX siendo utilizado después como escuela pública, casa de la cultura, etc.
La Iglesia de San Francisco alberga la imagen de la patrona de Madridejos, la Virgen de Valdehierro.